漢方の伝来から受入れ（飛鳥時代～室町時代）
漢方の歴史は、5世紀のはじめ、朝鮮半島を経由して中国医学が日本に伝わったことが始まりと言われます。
７世紀はじめには、遣隋使・遣唐使によるその当時の中国との正式交流が開始され、中国から医学が大量に持ち込まれました。701年には新しい政治制度である律令制度に基づいて、大宝律令が施行され，その中で漢～六朝時代の医学書が教科書として指定されました。その後、756年聖武天皇が没し、その供養として奈良に正倉院が建設され、多くの薬物が供えられたと記されています。
平安時代には日本独自の文化意識が芽生え、日本でも医学書が編纂されましたが、残念ながら現代には伝わっていません。現存する最古の医書は『医心方』で、平安時代における隋唐医学の集大成です。中国医学受容の精華ですが、その取捨選択には日本の風土、嗜好が反映されています。
鎌倉時代になると時代の主役は貴族から武士になり、医療の担い手は貴族社会の宮廷医から禅宗の僧医たちへと移行し、医療の対象は貴族中心から一般民衆へも向けられるようになりました。この時代から国内で編纂された医学書の中には、平易な仮名交じり文で記述されるものが登場するようになりました。例えば、梶原性全の『頓医抄』、有林の『福田方』などで、著者の独自見解が盛り込まれた画期的なものでした。
室町時代は、当時の中国にあった明朝との交流が活発になりました。当時導入された医学は、金元医学を継承したもので、ことに補養を軸とする李東垣、朱丹渓の医学は日本でも李朱医学と称して大いに受け、これらの流派は江戸時代前期までもっとも隆盛をきわめました。この流派をその後に興った古方派に対して、後世方派と称しています。
日本独自の漢方の発展（江戸時代）
江戸時代になると鎖国政策がしかれ、中国との交流が断絶されました。そのため、漢方医学は、中国医学に日本の気候風土、民族性が取り入れられ日本人に適した医療として、日本国内で独自に発展しました。
江戸時代中期以降の日本の漢方会は『傷寒論』を最大評価し、そこに医学の理想を求めようとする流派が主流となりました。漢の時代に作られた『傷寒論』の精神に帰れと説くこの流派は古方派呼ばれ、吉益東洞は、病気はすべて一つの毒に由来し、その毒の所在によって種々の病態が発現すると説き、治療内容は後世方派と異なり攻撃的なものでした。吉益東洞の嗣子、吉益南涯は父の過激ともいえる病理と治療を修正する方向に向かい、気血水学説を立てて病理と治療の説明を行いました。この南涯の医説も現代漢方に大きな影響を与えています。
江戸時代の後期になるとオランダの医学が蘭方医学として日本に伝来しました。この時に、蘭方医学と区別するために、日本の伝統医学として「漢方」と呼ぶようになったのです。
この頃には、漢方医学と蘭方医学の両方を取り入れられた折衷医学が発達し、処方の有用性を第一義とし、臨床に役立つものならば流派を問わず良所を享受するという柔軟な姿勢をとる和田東郭らが、両方の医学を学んだ医師である折衷派として多く輩出されました。また、蘭学との折衷をはかった華岡青洲は生薬による麻酔剤を開発し、世界初の乳癌摘出術を成功させました。
また、多紀元簡、元堅父子をはじめとする江戸医学館によって、漢方古典を文献学的・客観的に解明し、整理しようとした考証学派が登場しました。
漢方の衰退の危機（明治時代）
明治時代になると西洋化・富国強兵策をめざす明治政府は西洋医学を重視するようになります。
1872年、明治政府は、学制を制定し、西洋医学中心の新しい教育制度を整えるとともに、1874年には医制を制定し、西洋7科に基づく試験制度、医業の開業許可を制度化しました。浅田宗伯らは、西洋医学一辺倒の医制改革を懸念し、「漢方六賢人の会合」と呼ばれる会合を開催。漢方専門の博済病院の設立、漢方存続運動の活動母体となる温知社の設立と、矢継ぎ早に対策を打ち出します
しかし、明治政府は1883年、太政官布告により、国家試験に合格しなければ医業開業の許可を与えないとする医師免許規則を制定。これに抵抗して浅田宗伯らが政府に提出した漢医継続願も、1895年の国会第8議会で少数の差で否決され、医師になるための資格試験の内容は西洋医学とする法案が帝国議会で可決されました。漢方医学はこれにより、断絶の危機に瀕することになりました。
漢方の復興・新たな進化（明治時代後期・大正時代・昭和時代～）
その後も一部の医師や薬剤師、薬種商などの尽力により、民間レベルで伝えられた漢方は、明治43年（1910）に漢方医学者の和田啓十郎が「医学之鉄椎」を刊行し、漢方の素晴らしさを訴えました。さらに昭和2年（1927）には、湯本求真が「皇漢医学」を刊行し、漢方医学の優れている点を体系的に明らかにし、昭和の漢方医学の復興と存続に大きく貢献しました。これらの著述がきっかけとなり、漢方医学は再び注目を集め、復興の道を歩み始めたのです。
1950年に日本東洋医学会が設立され、1970年代からは、大学や公的研究機関に漢方医学の研究・診療部門が相次いで開設され、漢方の科学的研究も各方面の学会において多数発表されるようになりました。
1976年には多くの漢方エキス製剤が薬価基準に収載され、健康保険医療に導入され、さらに、1991年には社団法人日本東洋医学会が日本医学会の加盟学会となりました。
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